Los protocolos de acceso al sistema se utilizan para desarrollar interfaces entre los sistemas que intercambian datos, instrucciones, peticiones o respuestas. El "Simple Object Access Protocol" - Protocolo Simple de Acceso a Objetos (SOAP), es un estándar abierto ampliamente aceptado en la comunidad que desarrolla software. Ha sido diseñado para el intercambio de información en un ambiente descentralizado distribuido y es ideal para intercambiar mensajes entre diversos sistemas informáticos. El SOAP se basa en XML. Para mayor información sobre SOAP consulte www.w3c.org.

DiGIR (Distributed Generic Information Retrieval - Recuperación de Datos Genéricos Distribuidos) es una iniciativa de protocolo de acceso adoptada por el TDWG/CODATA Biological Collections Data Subgroup, GBIF y NBII, y se maneja como proyecto de código abierto (http://digir.sourceforge.net).

DiGIR fue diseñado para ser un sucesor de los protocolos basados en Z39.50 utilizados en Species Analyst y otros proyectos sobre biodiversidad. Este protocolo utiliza documentos XML para definir y manejar solicitudes de búsqueda asociada basadas en cualquier esquema elegido del intercambio de datos. Se encuentra en uso hoy en día para proyectos tales como el MaNIS (Mammal Networked Information System - Sistema de Información de Redes de Mamíferos - http://elib.cs.berkeley.edu/manis/) conjuntamente con el formato de metadatos de Darwin Core (colecciones de especimenes) (véase la sección abajo). Aunque sus raíces están en la informática biológica, el protocolo de DiGIR se puede utilizar con otros formatos de datos para el desarrollo de redes y otras aplicaciones.

IABIN apoyará tanto a SOAP como a DiGIR para sus redes distribuidas. Se espera que el SOAP continúe alcanzando amplia aceptación dentro de la comunidad general de desarrollo de software. Se espera que DIGIR desarrolle un seguimiento significativo dentro de la comunidad de sistemas de información sobre biodiversidad y pueda proporcionar ventajas para aplicaciones biológicas. GBIF está apoyando ambos protocolos para el desarrollo de su red mundial. También se anticipa que varias colecciones de museo relevantes, de interés para IABIN y el Species Analyst migrarán a los estándares y a protocolos de DiGIR. Consecuentemente, los datos disponibles dentro de estos proyectos se podrán integrar en IABIN con la adopción y el uso de estos protocolos.